Někdy v polovině 13. století zde Vitkovci založili poměrně rozsáhlou osadu, pojmenovanou Hradiště. První písemná zpráva pochází z 1268 roku, jde o doklad zdejších pánů Hněvka a Konráda. Zachycené pozůstatky nesou stopy po velkém požáru, takže osada byla zřejmě vypálená. To se uvádí do souvislosti se snahou Přemysla Otakara II. o založení nového královského města.
Přemysl Otakar II. nechal někdy mezi lety 1270 a 1272 celý prostor budoucího města obehnat důkladnou hradbou a na jihozápadním okraji planované výstavby vybudovat mohutný hrad. K rozvoji osidlení již nedošlo. Snahy o vybudování nového sídla panovnické moci skončily smrtí Přemysla Otakara II. v roce 1278 a plocha tak nebyla až do 15. století souvisle osidlená. Dle zmínky z 1370 roku měli hrad v majetku pání z Ústí a kostel sv. Filipa a Jakuba v podhradí je poprve zmiňován roku 1388.
Tábor byl založen husity na jaře roku 1420 a pojmenován podle hory Thabor u Nazaretu, v dnešním Izraeli. Zakladatelé města byli odhodlaní vytvořit nové společenství, odmitající lidské zákony a řidící se pouze zákonem Božím. 25. ledna 1437 udělil Zikmund Lucemburský městu městská práva. V roce 1452 se taborští hejtmani vzdali vojsku Jiřího z Poděbrad, tento rok se považuje za konec husitského Tábora.
V roce 1492 byla vybudována vodní nádrž Jordán. V roku 1512 dokončená stavba chrámu Proměnění Krista Pána v Táboře. V letech asi 1269, 1532 a 1599 byly v městě velké požáry. Roku 1680 postihl město mor. Více na